玉米CMS-C同質(zhì)異核、同核異質(zhì)系葉綠體基因組比較分析
摘要：【目的】基于玉米細(xì)胞質(zhì)雄性不育材料粗制線粒體DNA高通量測序數(shù)據(jù),對(duì)葉綠體基因組進(jìn)行組裝。【方法】應(yīng)用Illumina Hiseq 2500平臺(tái)進(jìn)行線粒體DNA測序。利用軟件Velvet對(duì)過濾后的clean reads進(jìn)行拼接和葉綠體基因組的組裝。采用在線注釋軟件DOGMA(dogma.ccbb.utexas.edu/)對(duì)葉綠體基因組完整序列進(jìn)行基因預(yù)測和基因功能分析。【結(jié)果】成功組裝出C48-2和C黃早四2個(gè)不育系及48-2和黃早四2個(gè)保持系的葉綠體基因組,大小分別為140 473 bp(C48-2)、140 478 bp(C黃早四)、140 458 bp(48-2)、140 448 bp(黃早四),均包含84種編碼基因,30種tRNA基因,4種r RNA基因。新組裝的4個(gè)葉綠體基因組,在基因組大小及所包含的基因種類及數(shù)量方面都與葉綠體參考基因組具有較高的相似性,說明粗制線粒體的高通量測序數(shù)據(jù)可以用來組裝葉綠體基因組。葉綠體基因組高度保守,但也存在SNP及InDel,基于不育系與保持系葉綠體DNA(cpDNA)的SNP位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異引物,可用來鑒定區(qū)分CMS-C不育胞質(zhì)與正常胞質(zhì)。【結(jié)論】利用粗制線粒體DNA的高通量測序數(shù)據(jù)可以完成葉綠體基因組的組裝,玉米CMS-C不育系與保持系的葉綠體基因組具有高度的一致性,但也存在一些多態(tài)性位點(diǎn),基于多態(tài)性位點(diǎn)成功開發(fā)出可區(qū)分CMS-C不育胞質(zhì)與正常胞質(zhì)的特異標(biāo)記。
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四川農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)雜志， 季刊，本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向，堅(jiān)持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進(jìn)性、創(chuàng)新性，刊載內(nèi)容涉及的欄目：研究論文、研究快報(bào)、綜述、專題論述、問題討論、專家論壇、研究簡報(bào)等。于1983年經(jīng)新聞總署批準(zhǔn)的正規(guī)刊物。
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